Science Tuesday?! Total synthesis VS Biosynthesis
就在本人如火如荼地準備資格考的同時，
兩個我把他們視為競爭者但是他們眼裡大概沒有我的lab，
不約而同地在這兩個星期各發了一篇跟我現在做的跟以後想做的有關的paper。
在我個人自滿於我的想法是正確的同時，
醣類合成的領域也已經進入了百家爭鳴的時代也說不定?!
第一篇是 Cornell的Matthew DeLisa跟 ETHZ的Markus Aebi跟UGA的Parastoo Azadi跟Ithaca的Glycobia這間公司合作的發在Nature ChemBio上的一篇brief communication:
http://www.nature.com/nchembio/journal/v8/n5/full/nchembio.921.html
簡單的說就是在E coli裡面放進eukaryotic N-glycan synthesis的幾個基因，
試著用E coli大量生產原本只屬於eukaryotes的 N-glycoprotein。
結果當然是初步成功啦，
E coli確實可以在細胞表面表面eukaryotic N-glycan。
雖然醣化效率(<1%)以及更複雜的醣類還是個問題，
更不用說E coli的glycosidase會不會發狂吃掉這些珍貴的醣蛋白的問題，
不過這個研究總算是讓人看到用heterologous biosynthetic pathway大量生產醣蛋白的曙光。
第二篇是Osaka Univeristy的Kajihara跟RIKEN的Ito合作發在JACS上的communication:
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja3013177
這篇就是hardcore的有機合成啦，
Ito lab專精在N-glycan合成上，
近年來用N-glycan做了很多ER folding的實驗，
第一個total synthesis就是他們完成的，
Kajihara是近年來用native chemical ligation做醣蛋白的高手，
兩人合作已久，
做出來這個misfolded/folded glycoprotein也只是早晚的問題。
一邊是用生化一邊是用化學 (背景音樂當然是 "左右為難")，
生化的好處自然是自動化之後產量極高，
這也是能用E coli取代其他如insect cell之類的系統表現eukaryotic glycoprotein的迷人之處；
化學合成的難處還是在於量大小上，
N-glycan total synthesis不才也在做，
簡單的60步跑不掉，
但是量再大也是在<1g的規模走。
另一個問題就是用NCL還是有長度的限制，
不過化學合成最強大的地方就是純度跟modification的可能性高。
當然，
以我的來看，
應該有第三種方法來產生高純度的醣蛋白，
至於是甚麼方法，
就等我試出來再說吧哈哈哈~~~
(應該至少等我quals過了再說...)
兩個我把他們視為競爭者但是他們眼裡大概沒有我的lab，
不約而同地在這兩個星期各發了一篇跟我現在做的跟以後想做的有關的paper。
在我個人自滿於我的想法是正確的同時，
醣類合成的領域也已經進入了百家爭鳴的時代也說不定?!
第一篇是 Cornell的Matthew DeLisa跟 ETHZ的Markus Aebi跟UGA的Parastoo Azadi跟Ithaca的Glycobia這間公司合作的發在Nature ChemBio上的一篇brief communication:
http://www.nature.com/nchembio/journal/v8/n5/full/nchembio.921.html
簡單的說就是在E coli裡面放進eukaryotic N-glycan synthesis的幾個基因，
試著用E coli大量生產原本只屬於eukaryotes的 N-glycoprotein。
結果當然是初步成功啦，
E coli確實可以在細胞表面表面eukaryotic N-glycan。
雖然醣化效率(<1%)以及更複雜的醣類還是個問題，
更不用說E coli的glycosidase會不會發狂吃掉這些珍貴的醣蛋白的問題，
不過這個研究總算是讓人看到用heterologous biosynthetic pathway大量生產醣蛋白的曙光。
第二篇是Osaka Univeristy的Kajihara跟RIKEN的Ito合作發在JACS上的communication:
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja3013177
這篇就是hardcore的有機合成啦，
Ito lab專精在N-glycan合成上，
近年來用N-glycan做了很多ER folding的實驗，
第一個total synthesis就是他們完成的，
Kajihara是近年來用native chemical ligation做醣蛋白的高手，
兩人合作已久，
做出來這個misfolded/folded glycoprotein也只是早晚的問題。
一邊是用生化一邊是用化學 (背景音樂當然是 "左右為難")，
生化的好處自然是自動化之後產量極高，
這也是能用E coli取代其他如insect cell之類的系統表現eukaryotic glycoprotein的迷人之處；
化學合成的難處還是在於量大小上，
N-glycan total synthesis不才也在做，
簡單的60步跑不掉，
但是量再大也是在<1g的規模走。
另一個問題就是用NCL還是有長度的限制，
不過化學合成最強大的地方就是純度跟modification的可能性高。
當然，
以我的來看，
應該有第三種方法來產生高純度的醣蛋白，
至於是甚麼方法，
就等我試出來再說吧哈哈哈~~~
(應該至少等我quals過了再說...)
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